Метою гнучкого застосування принципів НАССР є встановлення пропорційності заходів контролю небезпечних факторів, шляхом їх адаптації до характеру виробництва та розміру потужності. Застосування такого підходу повинне ґрунтуватися на основі оцінки ризику, а найкращий спосіб досягти цього -  за допомогою комплексного підходу, з урахуванням програм-передумов та результатів аналізу небезпечних факторів.

Гнучкий підхід до впровадження системи НАССР не є окремим поняттям або методом. Це повноцінні процедури НАССР, але, відповідно до оцінки ризику, не всі з перерахованих у законодавстві процедур є необхідними для виробництва безпечної продукції. Тому деяким підприємствам немає потреби у запровадженні усіх процедур. До малих потужностей, а також потужностей, на яких здійснюється прості технологічні процеси, які не становлять ризику забруднення продукту, або харчові продукти не є чутливими до забруднення, додаються потужності, які продають продукцію кінцевому споживачу виключно у місці виготовлення, а також потужності розташовані у віддалених регіонах (наприклад, гірські райони).

При цьому слід пам’ятати, що при будь-яких змінах діяльності, які можуть впливати на безпечність продукції, оператори ринку повинні переглядати та, за необхідності, вносити зміни у процедури, засновані на принципах НАССР.

Гнучкий (спрощений) підхід має на меті зменшення кількості критичних точок (далі ККТ) – для цього існують інші способи: аналізування ефективності, верифікація тощо.

Отже, при розробці та впровадження процедур, заснованих на принципах системи НАССР, оператор ринку повинен брати до уваги наступні умови:

•  Оператор ринку відповідає за безпечність харчових продуктів у межах своєї діяльності. Ця вимога діє для операторів ринку на кожному етапі харчового ланцюга. Часто буває так, що певні небезпечні фактори можуть потрапляти у продукт на одному конкретному етапі, а інші - на багатьох. Так, наприклад, залишки ветеринарних препаратів або засобів захисту рослин на етапі первинного виробництва, а мікробіологічне забруднення – на багатьох. Тому кожен оператор ринку повинен чітко визначати небезпечні фактори, які можуть з’явитися і перевищити допустимий рівень на етапі його діяльності, а які можуть прийти з сировиною або виникнути  на наступних етапах. Процедури системи НАССР оператора ринку мають бути спрямовані на контроль небезпечних факторів на етапах його діяльності. Крім цього, оператор ринку повинен запровадити доцільні заході із запобігання надходження небезпечної сировини, яка негативно впливатиме  на кінцевий продукт ( для цього призначена програма-передумова з оцінки постачальників та вхідного контролю сировини).

• Оператор рину повинен запровадити процедури, засновані на принципах НАССР, відповідно о оцінки ризику. Процедури мають відповідати особливостям конкретної потужності. Це означає, що навіть на двох однотипних підприємствах загальна кількість процедур може бути різною, як і різним буде їх наповнення, оскільки на кожній потужності своя історія діяльності, постачальники, персонал, тощо. Усі ці фактори враховуються під час розробки системи і формування документації. Слід зазначити, що використання типових планів НАССР та методичних настанов можливе лише за умови повної відповідності ситуації на потужності, описаним у документах процесам. В іншому випадку, оператор ринку зобов’язаний актуалізувати документи під власні потреби або змінити ситуацію на підприємстві, відповідно до вимог методичних настанов.

• Оператор ринку повинен запровадити результативні процедури. Результативність процедур підтверджується різними методами. Найефективніший – верифікація, яка здійснюється самим оператором ринку. Вона дозволяє чітко визначити слабкі місця системи і вчасно, не чикаючи зовнішніх перевірок, відрегулювати її роботу. До внутрішніх перевірок також належить лабораторний моніторинг, який проводиться за ініціативою оператора ринку, різного роду внутрішні інспекції та, для великих підприємств, внутрішні аудити. Хоча останнє і не є вимогою законодавства. Звичайно, перевірки зовнішніми організаціями (компетентний орган, клієнт) також дають змогу визначати слабкі місця у системи. Необхідним атрибутом верифікації є складання плану коригувальних заходів за виявленням невідповідностями.

Якщо ці умови виконано, то впроваджені процедури дозволять виготовляти/вводити в обіг безпечні харчові продукти, незалежно  від того є система спрощеною чи повною.