Міндоходами розроблено комплекс з  восьми стратегічних напрямів розвитку Міністерства, які деталізовані за конкретними стратегічними цілями, алгоритмами та строками їх виконання.

Відповідно до Стратегії, у найближчі п’ять років робота Міндоходів буде спрямована на  вдосконалення податкових і митних сервісів, розвиток партнерських стосунків з громадянами та бізнесом, активізацію міжнародної торгівлі за рахунок оптимізації митного регулювання, боротьбу з корупцією та «тіньовим» сектором економіки, запровадження сучасної IT-функції у роботу органів доходів і зборів.

Міністерство планує за результатами аналізу очікувань платників і міжнародного досвіду запровадити  низку  найбільш затребуваних послуг та сервісів для кожного з сегментів платників, у першу чергу, електронних. Наприклад, планується  запровадження сервісу попереднього заповнення декларацій (e-Filing), розвиток кабінету платника (e-Taxpayers Files), впровадження сервісу інтернет-платежів для сплати податків (e-Payments), у тому числі платежів через мобільні пристрої.

У Міністерстві також планують переорієнтувати роботу уже працюючих сервісних центрів на надання усього комплексу адміністративних послуг з податкових і митних питань.  Увага також буде приділена розвитку митних пунктів пропуску, забезпечення їх сучасними технічними засобами митного контролю: GPS-замками, мобільними та стаціонарними сканерами, електронними вагами, системами відеоспостереження та зчитування номерів тощо.

Міністерство й надалі приділятиме увагу вдосконаленню системи електронного декларування товарів за рахунок зменшення кількості документів у паперовому вигляді, удосконалення процедури прийняття електронної митної декларації до оформлення з автоматичним присвоєнням реєстраційного номеру. Будуть розроблені механізми прийняття автоматизованого рішення (без участі інспектора митниці) щодо можливості випуску товарів у обіг, вдосконалена процедура завершення митного оформлення за попередньою декларацією без доставки вантажів на митницю призначення та інше.

Задля підвищення ефективності методів протидії мінімізації сплати податків Міністерство має намір втілити  у життя  концепцію електронного аудиту, сформувати ризикоорієнтований підхід до контрольно-перевірочної роботи з трансфертного ціноутворення.

Стратегією передбачене удосконалення існуючих методів попередження і боротьби зі злочинами, пов’язаними з несплатою податків, зборів, митних платежів та витрачання бюджетних коштів. Для цього будуть й надалі розвиватися аналітичні функції оперативно-слідчих підрозділів, побудована сучасна та динамічна ІТ-функція.

Важливе місце у стратегічному плані посідають розробка та впровадження комплексної системи протидії корупції в Міністерстві, налагодження активної взаємодії із міжнародними організаціями, що займаються цими питаннями.